Au début du XVIe siècle, lorsque les premiers Bonaparte arrivent à Ajaccio, ils emménagent dans une maison face à la cathédrale. C’est seulement en 1682, qu’ils s’installent dans l’actuel musée national de la Maison Bonaparte.
Loin d’être un riche propriétaire, Charles-Marie Bonaparte vit avec sa femme Laetitia, son oncle Luciano et ses huit enfants : Joseph, Napoléon, Lucien, Elisa, Louis, Caroline, Pauline et Jérôme, dans un appartement situé au premier étage de la maison. Ce n’est qu’à la fin du XVIIIe siècle et au début du XIXe siècle que les membres de la famille vont acquérir progressivement l’intégralité du bâtiment.
C’est donc là que Napoléon grandit au milieu de ses frères et sœurs et qu’il a la douleur d’assister au décès de son grand-oncle Luciano en 1791 qui lui aurait dit, sur son lit de mort : « Mon existence n’est plus nécessaire aux enfants de Charles. Joseph est aujourd’hui à la tête de l’administration du pays, ainsi il peut diriger celle de la famille. Quant à toi Napoléon, tu seras un grand homme ».
Chassés de Corse deux ans plus tard, les Bonaparte laissent leur bien aux mains des partisans de Pascal Paoli qui le saccagent. En 1794, lorsque la Corse passe sous possession britannique,
Mais l’ironie de l’histoire ne s’arrête pas là puisque, en 1794, la maison est occupée par Hudson Lowe, qui sera, 20 ans plus tard, le gardien de Napoléon à Sainte-Hélène !
D’ailleurs, le jour de la mort de l’Empereur, le 5 mai 1821, deux évènements extraordinaires se seraient produits à Ajaccio. Il s’agit, d’une part, du passage d’une comète dans le ciel à l’heure pile du décès de Napoléon et, d’autre part, de l’apparition du fantôme de Napoléon, devant sa maison, à deux femmes, causant la mort d’une d’entre-elles nommée Rosa de Pila Canale.
Après le départ des Anglais de Corse en 1796, Joseph Bonaparte reprend possession de la propriété familiale et entame une campagne de restauration et d’agrandissement, aidé par sa mère et son oncle Joseph Fesch jusqu’en 1802, puis elle change de propriétaire de façon régulière durant tout le XIXe siècle. En 1805, Napoléon donne la maison à son cousin André Ramolino, puis elle est récupérée par Laetitia Bonaparte en 1832 et revient finalement à Joseph Bonaparte en 1843. À sa mort, la maison entre dans le patrimoine de sa fille Zénaïde qui l’offre en 1852 à son cousin-germain Louis-Napoléon Bonaparte, le futur Napoléon III. En 1873, c’est l’Impératrice Eugénie, son épouse, qui en devient propriétaire jusqu’en 1921, date de son décès, où le prince Victor-Napoléon en hérite pour la céder à l’État en 1923. La maison natale de Napoléon reste néanmoins à l’abandon et il faut attendre 1967 pour qu’elle devienne le Musée national de la Maison Bonaparte.
